В 1859 году то время происходит зарождение и постепенное развитие нигилизма в России. Главный герой – Евгений Васильевич Базаров – прогрессивный молодой человек, пропагандирующий нигилизм и отречение от всего старого. Его оппонент – Павел Петрович Кирсанов – представитель старых, консервативных взглядов.
Основная часть событий происходит в доме Николая Петровича Кирсанова. Тем временем Николай ожидает своего любимого сына, который обучался в университете. Вместе с сыном приезжает его приятель – Базаров, он окончил медицинский университет. В доме Кирсанова так же находится его брат, имя которого Павел.
При разговоре сразу становится ясно, что мнения Павла Петровича и Базарова противопоставлены друг другу. Аркадий тоже не может найти с отцом связь. Николай Петрович смущается, что с ним уже долгое время проживает Фенечка.
Аркадий знакомит Базарова с одной из своих знакомых, она молодая вдова. Базаров проявляет к ней интерес, но, как он сам признается, только ради ее денег. В определенный момент Аркадию кажется, что он тоже влюблен во вдову. Приехав к ней в гости, он знакомится с ее младшей сестрой и понимает, что теперь испытывает истинные чувства. Базаров ловит себя на мысли, что уже проявляет симпатию не только ради денег. Он признается вдове, но она не хочет связывать себя с таким человеком. Базаров, коря себя за слабость, он едет к отцу в родительский дом.
Ему вскоре наскучило общество родителей, он снова приезжает в дом Кирсанова. Он пытается сам себя развлечь поцелуем Фенечки. Свидетелем этого становится Павел, его понятия не позволяют пропустить этот поступок. Он вызывает Базарова на дуэль. Вопреки своим собственным убеждениям Базаров соглашается. Исход дуэли неоднозначен, но теперь Павел Петрович не выступает против свадьбы Фенечки и его брата.
В этом произведении явно показан конфликт поколений. Базаров не отступается от своих взглядов, равно как и его брат. Николай Петрович через какое-то время допускает, что, возможно, они с братом немного отстали от современной жизни. Аркадий, который изначально поддерживает мнение и образ жизни Базарова, встретив свою любовь, отказывается от всего ради нее.
Совсем одинокий Базаров, не нашедший понимания ни у кого, уходит с головой в работу. Он уделяет много времени практике на трупах, один из них был болен тифом, Базаров случайно задевает секционным ножом палец. Возникает сепсис – заражение крови. В то время врачи еще не нашли способ лечить такие тяжелые состояния, Базаров будучи врачом, понимает, что скоро наступит его смерть. Перед кончиной он понимает, что все его понятия погибли. Вскоре все начинают жить своей жизнью, Аркадий и его отец женятся на любящих их женщинах, на могилу Базарова приходят только его родители.